ETF的交易方式多樣，既可在一級市場申購贖回，也可以在二級市場上進行交易，從而可以進行一級和二級市場之間的套利。由於在交易所上市，又可以辦理申購贖回，所以二級市場的交易價格與一級市場的申購贖回價格會產生背離，由此產生套利的可能。套利需要通過轉託管來進行。如果某ETF的單位淨值爲1元，而交易所的交易價格爲1.2元，這時投資者即可通過銀行申購該基金，然後通過轉託管將申購到的基金轉到交易所，通過二級市場賣出，這樣就能獲得基金淨值和交易價格之間的差價；如果某LOF在交易所的價格爲1元，而單位淨值爲1.2元，投資者則可在交易所買入該基金，通過轉託管在銀行按照基金的淨值贖回即可。對於此套利模式，投資者必須在證券營業部和銀行營業部同時開立資金賬戶纔可進行交易。

需要注意的問題 ：由於轉託管的時間需要兩個交易日（比如，星期一進行轉託管，星期三才能進行操作），雖然LETF的單位淨值可能變化不大，但其二級市場的交易價格卻可能產生很大的變化。對於投資者來說，當二級市場價格高於單位淨值時，如果以銀行申購交易所賣出的方式進行套利，由於要經過兩天的時間，而LETF在交易所的交易價格波動幅度較大，因此差價在兩天之內可能就完全消失，其套利的價值也就不存在了。因此，套利的最好方式就是，當ETF的淨值高於二級市場的價格時，投資者通過交易所買入etf，然後在銀行進行贖回。